这种对苏联盟友的期望既支持了中共领导对于取得最终胜利的信念，也造成了胜利到来时中共领袖们对苏联的失望。一个简单的事实是，时至一九四九年，中共完成了从一个革命运动到国家执政者的龙门一跃，而恰于此时，苏联政策却阻止中共和外蒙的“兄弟”关系向国家统一转变。结果，外蒙从一个沟通中国革命和苏联的纽带，一变而为引起欧亚大陆上两个红色巨人“民族情感碰撞”的第一颗火星。
中国内战结束多年以后，一位中共高级干部在回忆当年国共斗争时，曾以两人打架做比喻：“苏联这个巨人站在我们背后，这就极大地鼓舞了我们的锐气，大刹了国民党的威风。” 实际上，除了苏联，在内战期间站在中共背后的还有蒙古人民共和国和新近加入革命集团的北朝鲜。在抗日战争的最后阶段，中共领导已经开始担忧美国将取代日本在内蒙的地位，阻止中共和外蒙的沟通。蒙古人民共和国在四五年八月向日本宣战以后，中共在《解放日报》上全文转载了宣战书，并令所部在内蒙的所有部队“配合外蒙古人民共和国军队进入内蒙及绥热察等地作战”。
尽管外蒙军队入华作战是在苏军的统一指挥下，中共在命令中单独提出外蒙军队有几方面的好处。其一，中共可以由此向内蒙人民显示，在国民党政府对外蒙军队入境作战保持尴尬沉默的时候，中共和蒙古人民共和国是协同作战的亲密盟友。在以后的两年中，中共与外蒙的合作有力地推动了中共在内蒙古的民族工作。在中共号召内蒙人民学习蒙古人民共和国的革命精神的同时，外蒙政府也劝诫内蒙自治人士接受中共的领导。一九四六年下旬，当中共在内蒙的工作受到挫折的时候，外蒙领土一度成为中共人员的避难所。 其二，中共可借外蒙军队的独立身份，避开当时中苏条约中关于苏军必须将其解放的中国领土移交给国民党政府的规定。在国共对华北、东北进行争夺的最初几个月中，中共从苏蒙联军手中接收了一些重要地区，同时声称并无苏军卷入。特别是在一九四六年美国对国共之争进行调停时，这一策略证明十分有效。 其三，外蒙军队与中共在中国领土内接头之后，蒙古、苏联、北朝鲜首次成为中共在东北华北军事行动的大后方。中共制订在这些地区的军事战略的一个重要考虑，就是保持和外蒙联系的畅通无阻并以蒙、苏、朝为后方。这样，协同外蒙军队对日作战实际上以合法形式开始了中共和外蒙在中国新的一轮内战中的合作。
尽管如此，外蒙军队入境作战也给中共在华北的干部造成了一些认识上的混乱。有些干部认为，对内蒙民族的政治动员有必要在与外蒙的密切合作下进行。另一些干部则感到外蒙在内蒙青年中的感召力超过了中国共产党。 对这些干部来说，问题的关键在于外蒙究竟在何种程度上是“自家人”，在战后内蒙的民族政治斗争中，外蒙和中共的利益究竟是否一致。几年以后，当中共对国民党的战争已经胜券在握的时候，外蒙是否是“自家人”的问题也随之转化为蒙古人民共和国和即将诞生的中华人民共和国的关系问题。
一九四八年秋，在一次党的会议上报告国际形势时，周恩来列举了苏联最近的成就、东欧新兴民主国家的出现、亚洲民族解放运动的开展等等，以此说明有利于中国解放战争的国际条件。报告没有提及蒙古人民共和国。 这可能是偶然的疏忽。但是，由于过去几年中外蒙从来没有落在中共政治军事战略的视野之外，周恩来的“疏忽”更引人注目。联系到即将发生的中共与苏联的首次外交往来，更有可能的是，中共领导此时有意避免提及外蒙，以便保持在这个问题上的灵活性。
中共与苏联的正式外交始于毛泽东在一九四九底和一九五零年初对莫斯科的访问。但是双方在进行这次国与国外交之前，已经有了两次秘密的党与党的外交。一九四九年一月底，苏共中央政治局成员米高扬秘密访问西柏坡，从而启动了中共与莫斯科两党关系向两国政府间关系转化的磨合。米高扬的访问使双方得以首次就和两国两党未来关系有关的广泛问题交换意见。这也是双方首次暴露出它们在外蒙独立问题上的重要分歧。迄今为止，中方披露的材料对这个问题语焉不详。师哲的回忆录对米高扬访问有详细记载，但无只字提及外蒙问题。吴冷西的《十年论战》提到一九六零年周恩来有关中苏两党交恶的历史背景的一次讲话。周恩来列举了第二次世界大战以后斯大林经手的八件对中苏两党关系产生消极影响的事情，其中两件涉及外蒙。第一件是在雅尔塔与英美达成瓜分中国势力范围的协议，承认外蒙独立，继而同国民党政府签约，承诺对其给予一切道义和物质上的援助。第二件是在四九年初派米高扬到西柏坡。周恩来的原话是，“米高扬来的时候很怕我们提出外蒙问题，其实我们根本没有打算要提这个问题。”
有趣的是，米高扬也在一九六零年向苏共中央报告他在一九四九年的使命，说明中苏分裂的历史根源。 据米高扬讲，在他与毛泽东的历时三天的谈话中，毛泽东提出了有关中苏关系的三件事。第一是关于苏联根据一九四五年中苏条约在旅顺设立的军港。毛泽东驳斥了某个女民主党派人士提出的废除苏联在旅顺的军事基地的意见，表示支持苏联在中共胜利后继续保持在中国东北的军事存在，以共同对付美日。米高扬的报告包括了斯大林本人对这个问题的回应。斯大林称一九四五年中苏条约为“不平等条约”，并提出苏军可以早些撤离旅顺。第二个问题是毛泽东根据来自国民党方面的消息，探询苏联和在新疆伊犁发生的民族分离运动的关系。对此，米高扬坚称苏联既不支持新疆的任何民族分离运动也不对新疆抱有任何领土野心。
使双方真正发生分歧的是第三个问题，即外蒙问题。米高扬报告中的有关段落如下：
外蒙古。毛自己提出我们对于外蒙内蒙统一的态度。我回答说我们不支持这样的统一，因为这将导致中国损失一大片领土。毛说他的意见是外蒙内蒙可以统一并成为中华共和国的一部分。对此我回答说，这是不可能的，因为蒙古人民共和国在很久以前已经赢得了独立。战胜日本以后，中国也已承认了外蒙独立。蒙古人民共和国有自己的军队、自己的文化，它正在文化经济方面取得迅速地发展。在长时间内它已经习惯于自由的滋味，绝无可能自愿放弃独立。即使有一天它会和内蒙统一，结果毫无疑问也会是一个统一和独立的蒙古。在这次谈话中任弼时也在场。他针对我的话说，内蒙古有三百万人，而外蒙古仅有一百万人口。斯大林得知这个情况后，给我发了下列致毛泽东的电报：
“外蒙领导人主张中国的所有蒙古地区和外蒙古统一，组成一个独立统一的蒙古国。苏联政府不同意这样的计划。虽然这个计划并不危及苏联利益，但它将会使数个地区脱离中国。我们不认为外蒙会同意放弃独立，而在中国内部实行自治，即使这种自治实体会使所有蒙古地区统一起来。很清楚，在这个问题上的最终决定取决于外蒙古自己。”
在得知了这份电报的内容以后，毛泽东说他会予以考虑，并说他们当然不会维护大中华沙文主义，也不会再提出蒙古统一问题。
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