毛泽东的态度迅速扭转了大家的认识。第二天，各人发言陆续表态。
李富春检查说：""还有两个战略布局问题我们在计划中注意不够""，""一个是工业布局的纵深配备问题。现在是原子时代，我们整个工业的战略布局，必须要真正重视建设后方，搞纵深配备，战略展开""。""可是我们在计划中间对西南的建设就注意不够。比如铁路修建，成昆路没有安排，湘黔路只安排了一半""[8]。
周恩来批评""初步设想""说：""这个计划一看就看得出来，不仅成昆铁路跟张家口到白城子的铁路没有列上，就是拿整个运输力量跟整个生产量的对比来计算也能看出，交通运输方面的安排是通不过的""。""这就是说，这个布局是不完全的。基础工业上不来，怎么能够支援农业跟照顾国防呢？""[9]
刘少奇着重讲了控制基本建设规模。他说：""昨天在主席那里谈的基本的一点，就是搞四川这个第三线，现在要准备，要着手。现在不着手，耽误了时间，将来不利。""他又说：""最近的确是有这样一个苗头，一放松大家就放手去干，这个苗头继续发展下去，就又要发生过去基本建设战线过长等问题。""""酒泉似乎也可以慢一点""[10]。
经过讨论，大家取得了一致的意见，决定把毛泽东的意见和""初步设想""结合起来，在逐步解决吃穿用问题的同时，加强三线建设。邓小平说：""这次计划按农轻重、解决吃穿用和两个拳头、一个屁股进行安排，是建设的完整方针。攀枝花钢铁工业基地的建设，第三个五年计划打基础。""
但是，毛泽东仍然感到不满意。6月6日，他在中央工作会议上讲了两个问题。首先，他更明确地提出三线建设的主张说：""我们不是帝国主义的参谋长，不晓得它什么时候要打仗。""""要搞三线工业基地的建设，一二线也要搞点军事工业。""""你们不搞攀枝花，我就骑着毛驴去那里开会。""其次，他批评制定计划的方法说：""过去制定计划的方法基本上是学苏联的""，""这是摇计算机的办法，不符合实际，行不通。这样计算，把老天爷计算不进去，天灾来了，偏不给你那么多粮食，城市人口不增加那么多，别的就落空。打仗计划不进去，国际援助也计划不进去。""[11]他认为，在分配投资时，要重点考虑基础工业、国防工业，然后才是农业。这和""初步设想""的投资次序是不同的。
毛泽东的讲话激起了与会者的强烈共鸣。大家一致认为，应该迅速展开三线建设，加强战备。从此，抓战备的气氛日趋浓厚。
二、国际形势变化与三线建设决策确立
毛泽东原来对这几年国民经济的战略考虑并不是这样的。1959年庐山会议召开的第一天，他就指出：""过去安排国民经济计划是重轻农，现在是否提农轻重，重工业要为轻工业、农业服务。""1962年7月20日毛泽东又说：""我发了一道以农业为基础的方针提出四年了，就是不实行。既不请示，也不报告。如果你们不实行，我兼计委主任，你们作副的，到哪里都可以革命么。""[12]李富春在制定""三五""计划""初步设想""时，就是这样提出""屁股""坐到农业的要求的。是什么原因又使毛泽东把国防和基础工业放在第一位了呢？
1964年4月25日，总参谋部作战部根据副总参谋长杨成武的指示写出了一份报告，5月9日报罗瑞卿，罗又分别报送毛泽东等中央常委，时间恰好在国家计委向毛泽东汇报""三五""计划初步设想前后[13]。报告[14]中说：
我们对国家经济建设如何防备敌人突然袭击问题专门进行了调查研究，从我们接触到的几个方面来看，问题是很多的，有些情况还相当严重。
（一）工业过于集中。仅十四个一百万人口以上的大城市就集中了约60%的主要民用机械工业，50%的化学工业和52%的国防工业。
（二）大城市人口多。……这些城市大部分都在沿海地区，易遭空袭。战时如何组织城市防空，疏散城市人口，保障坚持生产，消除空袭，特别是核袭击后果等问题，尚无有效措施。
（三）主要铁路枢纽、桥梁和港口码头，一般多在大中城市及其附近，易在敌人轰炸城市时一起遭到破坏。……战争初期，交通可能陷入瘫痪。
（四）所有水库，紧急泄水能力都很小。……被同时破坏后，北京市及周围广大地区将遭洪水冲击，并且危及天津……。
报告建议由国务院组织一个专案小组，研究采取积极措施，防备敌人的突然袭击。
那么，当时有没有遭到突然袭击可能性呢？让我们看看60年代中国大陆周边的形势：
东面：台湾利用大陆出现的经济困难局面不断进行军事骚扰，宣传反攻大陆。从1962年到1965年向大陆派出几十股武装特务登陆。1961年9月、1962年9月，美国制定并进行了以中国为假想敌的两次大型核战争演习，基本内容都是：以台湾为基地，出动军舰、核潜艇、轰炸机，发射导弹，袭击中国沿海重要港口、机场和军事设施，最后美军在中国大陆登陆。演习中除核武器外其他都予以实施。1990年代解密的美国国务院档案证明，美国当时确实制定了对中国进行核武器打击的计划。1964年4月，美国国务院政策设计委员会专家罗伯特•约翰逊起草了先发制人地袭击摧毁中国核设施的《对共产党中国核设施直接行动的基础》等多份计划，提出由美国单方面打击、与苏联联合打击、委托第三国打击等多种方案。总统约翰逊和国务卿腊斯克、国防部长麦克纳马拉就此进行了讨论，并试探了苏联的意见，但是遭到苏联的婉言谢绝[15]。虽然美国的一些方案后来证明离付诸实施还有很大距离，但在当时中国与西方国家没有外交沟通、又遭到军事封锁的情况下，中国领导人察觉到这些信息后，必然会引起强烈的、甚至是过度的反映（1965年苏联部长会议主席柯西金访问中国时，透露了这一情况。毛泽东表示，打起仗来我们两国还是站在一起）。
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